1、产权年限短：公寓一般都是建在商业用地或者工业用地上，所以公寓房的产权年限大多为50年或者40年。但是普通商品房的产权年限大多为70年，由此可见公寓房的产权年限比普通住宅的产权年限要短。2、落户成难题：部分公寓是在商业用地上建起来的项目，是商业性质的，不符合落户的规定，因此不能落户。
3、税费高转手难：购买和出租公寓交纳的税费都要比普通商品房高根据我国的相关政策，普通商品房二手交易时可免收土地增值税，但时商用公寓交易时不能免收。不但不能免交土地增值税，还需交纳增值税、各项税费加起来通常达到房屋交易总价的10％至14％。因此转手难。4、居住的人多：公寓大多是小户型，所以梯户比通常是两梯十户，甚至说更多，居住的人员不仅多而且杂乱，因此生活的安全性和私密性都无法得到很好地保障。
5、居住成本高：公寓房的水电费都是按商业用电的标准缴纳，所以购买公寓房的居住成本是比较高。比如如果住宅物业用水的收费标准为2元／立方米，那么商业物业用水的收费标准通常会达到为4元／立方米；住宅的用电收费标准为0．5元／度，公寓的用电收费标准就可能会是1元／度。这样一算，日常的生活开支就多了不少啊！6、通风不佳：公寓房往往为了安全考虑，一般都是不通风的。由于户型小的原因，因此公寓房的厨房一般为开放式，自然就容易产生油烟味；另外还有存在暗卫的可能，这样一来，长久居住的话就会受到异味的困恼。
